Zor kullanma yetkisini aşan kamu görevlisi hakkında TCK m.256 uyarınca ceza verilirken, kasten yaralama suçundaki nitelikli haller (örn: silahla işlenmesi) uygulanabilir mi?

Evet, uygulanabilir. TCK m. 256, kasten yaralama suçuna ilişkin 'hükümlerin' uygulanacağını belirttiği için, TCK m. 86'da yer alan temel ceza ve nitelikli hallere ilişkin artırımlar (örn: m.86/3-e silahla işlenmesi) bu suç için de geçerlidir.