Kamu görevlisine hakaret suçunda, kamu görevlisi emekli olduktan sonra, geçmişteki göreviyle ilgili olarak kendisine hakaret edilirse, TCK m.125/3-a uygulanır mı?

Evet, uygulanır. Önemli olan hakaretin, kişinin kamu görevlisi sıfatını taşıdığı dönemdeki eylem ve işlemlerinden, yani "görevinden dolayı" yapılmasıdır. Kamu görevlisi emekli olmuş veya görevden ayrılmış olsa bile, hakaretin sebebi geçmişteki görevi ise, suçun nitelikli hali oluşur.