5199 sayılı Kanun ve ilgili mevzuat, sahipsiz hayvanların nüfus kontrolünde 'kısırlaştırma' yöntemini esas alırken, öldürmeyi (ötenazi) kesin ve sıkı istisnalar dışında yasaklamıştır. Buna karşın, Ev Hayvanlarının Korunmasına Dair Avrupa Sözleşmesi'nin, bazı yorumlara göre, nüfus kontrolü için öldürmeye kapı araladığı iddia edilmektedir. Bu iddia ışığında, Sözleşme'nin 12. maddesi ile 5199 sayılı Kanun'un ilgili hükümleri arasında bir çatışma olup olmadığını, Anayasa m. 90/son fıkrası ('usulüne göre yürürlüğe konulmuş temel hak ve özgürlüklere ilişkin milletlerarası andlaşmalarla kanunların aynı konuda farklı hükümler içermesi nedeniyle çıkabilecek uyuşmazlıklarda milletlerarası andlaşma hükümleri esas alınır') ve Sözleşme'nin 2/3. maddesi ('Sözleşmenin hiçbir hükmü, taraf devletlerin hayvanların korunmasına yönelik, yani hayvanlar lehine daha sıkı tedbirler alma hürriyetini etkilemeyeceği') çerçevesinde değerlendiriniz.

Sözleşme ile 5199 sayılı Kanun arasında bir çatışma bulunmamaktadır; aksine, kanun Sözleşme'nin ruhuna uygun ve hatta hayvanlar lehine daha koruyucu bir düzenleme getirmiştir. Sözleşme'nin 12. maddesi, sahipsiz hayvan nüfusunun azaltılması için 'öldürmeyi' birincil bir yöntem olarak önermez. Madde, nüfus kontrolü için 'kısırlaştırmanın teşvik edilmesini' taahhüt altına alır ve eğer yakalama, muhafaza ve 'öldürme' gibi işlemlere başvurulacaksa, bunların Sözleşme'nin temel prensiplerine (gereksiz acı ve ızdırap vermeme gibi) uygun yapılması gerektiğini belirtir. Yani Sözleşme, öldürmeyi bir metot olarak dayatmaz, sadece bu yola başvurulması halinde uyulması gereken asgari standartları belirler. 5199 sayılı Kanun ise, bu konuda daha ileri giderek, nüfus kontrolünde 'kısırlaştırmayı' tek yöntem olarak benimsemiş ve 5996 sayılı Kanun'a atıfla, tedavisi mümkün olmayan hastalıklar gibi çok sınırlı haller dışında öldürmeyi yasaklamıştır. Bu durumda, bir çatışmadan değil, kanunun hayvanlar lehine daha sıkı bir tedbir almasından bahsedilir. Sözleşme'nin 2/3. maddesi de tam olarak bu duruma işaret eder ve taraf devletlerin, hayvanların korunması için Sözleşme'deki asgari standartların ötesinde, daha koruyucu (hayvanlar lehine daha sıkı) tedbirler alabileceğini açıkça belirtir. Dolayısıyla, 5199 sayılı Kanun, Sözleşme'ye aykırı değil, onun izin verdiği daha ileri bir koruma seviyesini benimsemiştir. Anayasa m. 90/son fıkrasının uygulanmasını gerektiren bir 'çatışma' durumu söz konusu değildir. Eğer bir çatışma olsaydı dahi, Sözleşme'nin kendisi daha lehe olan iç hukuk kuralının uygulanmasına izin verdiği için yine 5199 sayılı Kanun uygulanırdı.