Seri muhakeme usulünün kovuşturma aşamasına geçmiş dosyalara uygulanmasının, sanığın duruşmaya katılma, tanık dinletme gibi haklarını elinden alarak aleyhe sonuç doğurabileceği yönündeki karşı oy görüşü, seri muhakeme kurumunun kendisinin Anayasa'ya uygunluğu hakkında ne gibi bir tartışma başlatmaktadır?

Bu karşı oy, aslında iptali istenen kuraldan çok, seri muhakeme usulünün bizatihi kendisinin adil yargılanma hakkının temel güvenceleriyle (yüz yüzelik, doğrudanlık, silahların eşitliği, çelişmeli yargılama) ne kadar uyumlu olduğu sorununu gündeme getirmektedir. Eğer bir usul, sanığın temel savunma haklarından feragat etmesini gerektiriyorsa ve bu durum potansiyel olarak aleyhe sonuçlar doğurabiliyorsa, bu usulün Anayasa'ya uygunluğu sorgulanabilir. Makalenin yazarı da bu noktaya dikkat çekerek, bu sorunların iptal edilen geçici maddeden değil, seri muhakeme usulünün kendisinden kaynaklandığını belirtmektedir. Ancak yazar, bu usul mevcut haliyle yürürlükte olduğu sürece, ceza indirimi gibi net bir lehe hüküm içerdiğinden, bu lehe hükümden belirli bir grup sanığın mahrum bırakılmasının 'suçta ve cezada kanunilik' ilkesini ihlal edeceğini savunmaktadır. Dolayısıyla karşı oy, lehe kanun tartışmasını, kurumun genel Anayasallık tartışmasına taşımaktadır.