Bir ceza davasında, sanık hakkında verilen hükümde TCK'nın 53. maddesindeki (belirli hakları kullanmaktan yoksun bırakılma) uygulamanın gösterilmemesi bir eksiklik midir?

Evet, bir eksikliktir. Mahkumiyet hükmü kurulduğunda, TCK m. 53'teki hak yoksunluklarının sanık hakkında uygulanıp uygulanmayacağına ve nasıl uygulanacağına dair hüküm fıkrasında bir karar verilmesi gerekir. (Yargıtay 12. Ceza Dairesi, E: 2017/3156, K: 2017/10583)