Bir bilişim sistemine, sistem yöneticisinin verdiği şifre ile giren bir çalışan, yetkisinin olmadığı bir klasöre girerek oradaki verileri incelerse TCK m. 243 suçunu işlemiş olur mu?

Evet, işlemiş olur. Suçun unsuru, sistemin 'bütününe veya bir kısmına' hukuka aykırı olarak girmektir. Çalışanın sisteme genel girişi hukuka uygun (rızaya dayalı) olsa da, yetkisi olmayan özel bir bölüme (kısma) girmesi 'hukuka aykırı'dır ve TCK m. 243/1'deki suçu oluşturur.