İstinaf mahkemesi (BAM), ilk derece mahkemesinin beraat kararını kaldırıp, duruşma açarak sanık hakkında mahkumiyet kararı verirse, bu yeni kararla birlikte sanığı tutuklayabilir mi?

Evet, tutuklayabilir. İstinaf mahkemesi, duruşma açarak yaptığı yargılama sonucunda sanığın suçlu olduğu kanaatine varırsa, CMK m.100'deki şartların (kuvvetli şüphe, tutuklama nedeni) varlığı halinde, vereceği mahkumiyet kararıyla birlikte sanığın tutuklanmasına da karar verebilir. (Bkz: CMK m.280)