VUK m. 359'a 7394 sayılı Kanunla eklenen etkin pişmanlık hükmüne göre, 'soruşturma evresinde' vergi, ceza ve faizlerin ödenmesi halinde cezada 1/2 oranında indirim yapılır. Vergi suçlarında soruşturma, vergi inceleme raporu ve mütalaanın Cumhuriyet Başsavcılığı'na gönderilmesiyle başlar. Mükellef, henüz vergi incelemesi devam ederken, yani dosya savcılığa intikal etmeden önce, vergi dairesine başvurup tüm borçlarını 'pişmanlık ve ıslah' (VUK m. 371) kapsamında öderse, daha sonra açılacak ceza davasında VUK m. 359'daki bu yeni etkin pişmanlık indiriminden yararlanabilir mi?
Bu, yeni düzenlemenin en tartışmalı noktalarından biridir. VUK m. 359'daki etkin pişmanlık, ceza hukuku anlamındaki 'soruşturma' ve 'kovuşturma' evrelerine göre düzenlenmiştir. Ceza hukuku anlamında 'soruşturma evresi', suç şüphesinin savcılık tarafından öğrenilmesiyle başlar. Vergi suçlarında bu an, genellikle vergi dairesinin suç duyurusunda bulunmasıyladır. VUK m. 371'deki 'pişmanlık ve ıslah' ise tamamen bir vergi hukuku kurumudur ve vergi ziyaı cezasının kesilmesini önler. Eğer mükellef, inceleme aşamasında, yani dosya savcılığa gitmeden ve ceza soruşturması başlamadan önce VUK m. 371'e göre ödeme yaparsa, bu ödeme VUK m. 359'daki 'soruşturma evresinde' yapılmış bir ödeme değildir. Mevcut lafzi yoruma göre, mükellef bu durumda ceza indiriminden yararlanamaz. Bu durum, kanun koyucunun amacına aykırı ve adaletsiz bir sonuç doğurmaktadır. Zira en erken aşamada pişmanlık gösterip devletin zararını gideren kişi indirimden yararlanamazken, soruşturma başladıktan sonra ödeme yapan yararlanabilmektedir. Bu çelişkinin, kanun koyucu tarafından düzeltilmesi veya Yargıtay tarafından 'soruşturma evresi' kavramının vergi suçlarının özgün yapısı dikkate alınarak vergi incelemesini de kapsayacak şekilde geniş yorumlanması gerekmektedir. Ancak mevcut durumda lafzi yorum, bu indirimden yararlanılamayacağı yönündedir.