Mükellefin, vergi borcunu ve vergi ziyaı cezasını uzlaşma veya indirim müesseselerinden yararlanarak ödemesi, hakkında VUK m. 359'dan ceza davası açılmasına engel olur mu?

Hayır, engel olmaz. Vergi ziyaı cezasının idari yollarla (indirim, uzlaşma, ödeme) ortadan kalkması, fiilin aynı zamanda ceza hukuku anlamında bir suç (kaçakçılık) teşkil etmesi durumunda, adli soruşturma ve kovuşturma yapılmasına engel değildir. Bu iki süreç birbirinden bağımsızdır (VUK m. 367).