Özel affa uğramış bir ceza, affı çıkaran kanunda aksi belirtilmedikçe, cezanın infaz edilmiş sayılmasına yol açar mı?

Hayır, yol açmaz. Özel af, cezanın infazına son verir veya süresini kısaltır, ancak infaz edilmemiş olan kısmın 'infaz edilmiş' sayılması sonucunu doğurmaz. Bu, özellikle koşullu salıverilme hesaplamalarında ve mükerrirlik durumlarında önemlidir. İnfaz edilmiş sayılma, ancak bu yönde açık bir kanuni düzenleme ile mümkün olabilir. (kadimhukuk.com.tr/makale/genel-af/ - Genel hukuk prensiplerinden çıkarım)